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斑点手鱼基因组测序

2024-10-10 08:52:29生活自然的汉堡

澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRO)的一组研究人员破译了斑点手鱼(Brachionichthys hirsutus)的基因组,这种海洋鱼类是塔斯马尼亚特有

澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRO)的一组研究人员破译了斑点手鱼(Brachionichthys hirsutus)的基因组,这种海洋鱼类是塔斯马尼亚特有的,极度濒危。

斑点手鱼基因组测序

毛尾臂鱼(Brachionichthys hirsutus)是手鱼科臂鱼属的一种稀有底栖鱼类。

这种不寻常的鱼只生活在塔斯马尼亚州德文特河河口及其附近地区;通常生活在水深 5 至 10 米(16-33 英尺)的地方。

短尾鱼(Brachionichthys hirsutus) 于1804年首次被正式描述,它拥有高度适应性的胸鳍,形状像手,可以让它在海底行走。

该物种的食物包括小型贝类、虾和多毛类蠕虫。

在 2020 年世界自然保护联盟红色名录中, Brachionichthys hirsutus被列为极度濒危物种;科学家估计,野生 Brachionichthys hirsutus 仅剩不到 2,000 只。

其数量的快速下降可归因于历史上的捕鱼习惯、沿海开发、气候变化和入侵物种的到来。

CSIRO研究员Gunjan Pandey表示:“基因组序列将有助于持续努力增加人口数量和监测遗传多样性。”

“基因组帮助我们了解生物体如何运作。”

“它为理解日常生活中的基因表达提供了基础,并提供了了解其进化历史的见解。”

“有了基因组,我们可以协助物种检测,监测种群,甚至估计鱼的寿命。”

CSIRO研究员卡莉·迪瓦恩补充道:“这些丰富的遗传信息将有助于制定长期保护策略。”

“保护措施正在扩大到包括遗传学,认识到采用多学科方法以及生态学研究对于有效保护濒危物种至关重要。”

“众所周知,像斑点手鱼这样的海洋生物是很难对付的。”

“DNA会迅速降解并被微生物污染。”

“这使得组装纯基因组变得极具挑战性。”

研究团队利用所谓的低输入协议,从少量的劣质 DNA 中对完整的基因组进行测序。

“我们是全球仅有的三支使用该协议的团队之一,”潘迪博士说。

“我们定制了整个过程——从实验室设置到生物信息学软件——从劣质 DNA 中测序出高质量的基因组。”

“过去需要六到十二个月才能完成的工作,现在几天就能完成。这项技术对我们了解和保护澳大利亚乃至全世界的濒危物种有着巨大的希望。”

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