科学家对胡桃基因组进行测序

康涅狄格大学的研究人员发表了胡桃(Juglans cinerea)的第一个高质量参考基因组，胡桃属于胡桃科。

胡桃，也称为白胡桃，是一种落叶、异型杂交、风授粉树冠树，原产于北美东部。

它曾经因其木材和食用坚果而受到重视，如今，由于白胡桃溃疡病(一种由真菌麦冬(Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum)引起的疾病)的影响，它已被世界自然保护联盟红色名录列为濒危物种。

这种疾病于 20 世纪 60 年代被发现，现在已遍布胡桃产区，到 20 世纪 90 年代，该疾病已杀死了许多州 80% 以上的胡桃树，并威胁着该物种的灭绝。

“我们有兴趣了解有多少胡桃种群已经与日本核桃(Juglans ailantifolia)杂交，以及是什么导致了遗传抗性和真菌感染，”计算生物学家 Jill Wegrzyn 博士说。康涅狄格大学生态与进化生物学系以及生物多样性和保护基因组学中心。

为了解决保护遗传学方面的差距，康涅狄格大学的本科生和研究生与从业者合作，生成了第一个灰核桃参考基因组。

染色体规模的参考文献用现有的转录组资源进行了注释，并在进化背景下对最近测序的全球核桃科成员进行了检查。

研究人员说：“基因组的构建与为期一年的训练计划有关，该训练计划是从目标树的高分子量提取开始的。”

“学生们与研究生和教职员工密切合作，了解与基因组组装和注释相关的挑战。”

“这样做，基因组受益于稳健的方法测试，”他们补充道。

“最后，该计划与从业者进行了交流，他们为参考文献提供了意见，并提供了一个框架，该框架将指导未来这种高质量参考文献的应用。”

研究结果发表在《G3：基因、基因组、遗传学》杂志上。