MoBIE使现代显微镜具有海量数据集

高分辨率显微镜技术，例如电子显微镜或超分辨率显微镜，会产生大量数据。如此庞大的成像数据集的可视化、分析和传播提出了重大挑战。现在，这些任务可以使用 MoBIE 执行，MoBIE 代表多模态大图像数据探索，这是一种新的用户友好型免费工具，由哥廷根大学和 EMBL 海德堡的研究人员开发。这意味着依赖高分辨率显微镜技术的生物学家等研究人员可以结合多个数据集来研究最小尺度的生命过程。他们的方法现已发表在 Nature Methods 上。

MoBIE 最初是为了制作Platynereis dumerilii细胞的高分辨率“地图”而开发的 ，一种小型蠕虫，可作为进化的模式生物。该图结合了一种蠕虫的电子显微镜数据和约 50 条蠕虫的基因表达谱。结合这些信息可以对形态学和基因表达进行非常详细的比较，最终目标是更好地了解动物细胞类型及其进化。事实证明，使用现有工具很难集成这个由来自不同来源的 10 TB 数据组成的庞大数据集。因此，开发 MoBIE 是为了能够从任何笔记本电脑直接访问数据，而无需编程知识。在首次发布细胞地图后，该团队意识到 MoBIE 的潜力可以使显微镜中的许多其他应用受益。因此，研究人员扩展了其功能以支持更多类型的成像数据，例如：高通量筛选显微镜，常用于药物发现;和空间转录组学，用于非常详细的基因表达分析。MoBIE 已经被用于其他几个领域的数据分析和共享。

MoBIE 现在允许对来自数百个来源的大型图像数据进行可视化和分析，以及重建数据中的结构，例如细胞或细胞器。它可以在云中按需访问这些数据，允许任何研究人员直接访问而无需首先下载数 TB 的数据。此功能使以前只能通过更专业的工具和计算知识才能实现的大型和多样化数据集的数据可视化和分析成为可能，从而为世界各地的许多研究小组提供了分析和解释大量显微镜数据的能力。“我的团队开发了一些方法来帮助生物学家从显微镜数据中回答他们的研究问题。在 MoBIE 之前，共享这些结果很困难：他们需要下载大量数据并使用难以安装的工具。现在我们可以通过这个用户友好的工具直接与他们共享数据，”Constantin Pape 教授说。Pape 在 EMBL Heidelberg 作为博士后开始了这项研究，并继续在哥廷根大学进行。MoBIE 作为开源软件提供，可以作为插件安装到 Fiji，Fiji 是广泛使用的显微镜​​工具箱。