使用AutoPLP检测快速变异的细菌和病毒

正如我们现在从应对大流行的经验中了解到的那样，导致某些感染的微生物可以迅速变异成逃避检测和治疗的变体。

但是现在，在ACSInfectiousDiseases上报告的研究人员已经开发出一种程序，可以帮助研究人员赶上这些偷偷摸摸的病原体。他们的“AutoPLP”技术设计的核酸探针可以快速、准确、轻松地检测新变异。

许多诊断，例如基于聚合酶链反应(PCR)的诊断，通过分析遗传物质来检测病原体。滚环扩增(RCA)以类似的方式工作，但优点是它不涉及PCR所涉及的复杂温度循环。

这两种技术都需要核酸探针的序列与特定位置的目标病原体序列相匹配，但RCA使用高度特异性的“挂锁探针”(PLP)。随着病原体发生突变，其基因序列也会发生变化，研究人员必须不断重新设计他们的探针。

因此，SowmyaKrishnan、RubenSoares、M.MichaelGromiha和NarayananMadaboosi想要创建一种工具，不仅可以自动设计这些PLP，而且还首次系统地同时考虑所有必要的技术参数，以制作整个过程更简单，更健壮。

他们的工具是一个名为“AutoPLP”的计算机程序，以其设计的PLP命名。该程序可以将相似病原体的基因组序列作为输入，并运行一系列分析和数据库搜索，输出一组定制的PLP序列。该团队使用该程序设计了针对狂犬病病毒(一种在动物和人之间传播的病毒)和结核分枝杆菌(导致结核病的细菌)的探针，并将它们与之前报道的进行了比较。

对于狂犬病病毒，AutoPLP靶向三个基因，产生的探针具有比文献中更高和更窄的解链温度范围。对于结核分枝杆菌，他们设计了总共13个探针，专门针对两个负责耐药菌株的基因。研究人员表示，该工具可以帮助加速发现新的病原体变异体，通过精确的分子诊断帮助快速有效地对抗它们。