预测与癌症相关的调控遗传变异的分子功能

2023 年 8 月 30 日， Oncotarget 第 14 卷发表了一篇新的社论论文，题为“预测与癌症相关的调控遗传变异的分子功能”。

一些遗传性人类遗传变异可能会导致重要的表型多样性，例如个体对某些健康状况的易感性不同程度以及个体对治疗干预的反应。迄今为止，通过大规模全基因组关联研究(GWAS)已经发现了超过 490,000 个基因型-表型关联;然而，大多数已发现的 GWAS 变体的分子功能仍然未知。

在他们最近的社论中，来自伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校的研究人员Jun S. Song和Mohith Manjunath讨论了使用表达数量性状位点进行遗传分析的计算方法、预测调控遗传功能的框架、在癌症发展和相关转录因子中的应用。进展，以及他们的方法在癌症研究和精准医学中的未来影响。

“有几个技术挑战阻碍了我们的理解[...]。”

首先，以病例与对照群体中基因型出现的优势比来衡量，典型遗传变异的效应大小非常小，这表明每个变异调节的宏观系统水平表型差异也可能很小且困难检测。其次，大多数报道的变异存在于人类基因组的非蛋白质编码区域，表明它们可能影响一些未知靶基因表达的调节。最后，发现的变体本身可能没有功能，而仅仅是与其他功能变体存在遗传连锁不平衡。

“解决这些挑战的一个有前途的方法是整合基因组学、表观基因组学、转录组学和机器学习方法，以识别功能性遗传变异并表征它们在调节目标基因方面的作用模式。”