用于识别鱼卵的DNA元条形码评估西佛罗里达陆架案例研究

在PeerJ上发表并在国际生物海洋学协会中心发表的一项新研究评估了使用DNA元条形码识别鱼卵的情况。该研究评估了DNA元条形码的性能，以提高吞吐量并降低与长期鱼卵监测计划相关的财务和劳动力成本。

研究发现：

卵的鉴定与先前从单个卵DNA条形码观察到的物种分布一致，并且卵的空间热图与已知的成虫占据的栖息地类型相对应。

元条形码允许增加的吞吐量导致识别以前未在该区域检测到的分类群，可能代表偶发性产卵事件。

元条形码可以扩展可处理样本的数量或地理范围。

元条形码的一个缺点是该方法不是定量的，并且需要应用序列的阈值比例来计算分类单元是否存在。

该研究强调了建立长期鱼卵监测的重要性，因为这对于保护鱼类在其生命早期阶段使用的产卵地和栖息地至关重要。在长时间尺度和高空间分辨率下识别鱼卵成分对于观察不同鱼类产卵动态的变化以及破译人类活动如何影响鱼类产卵非常有价值。

DNA元条形码涉及所有动物中存在的保守基因的扩增和测序，允许通过与数据库进行比较来识别生物体。在这项研究中，鱼卵是通过拖曳浮游生物网来收集的，该网收集自由漂浮的卵——因为大多数鱼都是散播产卵者，这意味着它们将卵释放到水柱中。研究小组随后将所有鱼卵作为一个复合材料进行加工，显着降低了加工成本。

“看看我们在哪里检测到不同鱼类的卵总是很有趣。在这篇论文中，我们从以前没有记录在该地区产卵的三种鱼类中回收了卵：大西洋蓝枪鱼、凤头鞘鱼和毛刺鱼。但是，我认为这项研究中最有趣(也是令人沮丧)的发现是，有时我们从给定样本中回收的物种数量多于该样本中的卵数，这表明污染了DNA。

“这种DNA的来源很可能是环境DNA，它会被所有生物物种脱落，并可能粘在鱼卵的外面。我们必须应用一个阈值(即，属于以下序列的比例的截止值)一个特定的物种)认为该物种存在——这可能会通过排除稀有物种而引入偏见，”来自南佛罗里达大学海洋科学学院的MyaBreitbart教授说。

虽然DNA元条形码不利于团队的长期研究目标，但研究人员报告了该技术在鱼卵鉴定方面的许多潜在应用。例如，研究人员可以结合特定季节在某个地理区域收集的所有鱼卵，并使用元条形码生成当时鱼类产卵的概况，然后可以将其与其他季节进行比较。